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【GeneChip®の特長】

なぜAffymatrix社のアレイが選ばれるのでしょうか？

DNAアレイには国内外のメーカーから様々なプラットフォームが製造販売されています。しかし、現在市場に出回っている製品はほぼ、数社の主要ななメーカーのプラットフォームに収束しています（※１）。中でもAffymatrix社のGeneChip^TMは、その最上位のDNAアレイです。
世界最大の遺伝子発現データベースであるThe Gene Expression Omnibus (GEO) （※２）にはマイクロアレイを含めた遺伝子発現の膨大なデータが登録されています。
GEOのデータベースでは、Affymatrix社のGeneChip の登録数はチップ製品ごとに見ると上位18位までを占めており、また、試験研究ごとのデータセット数ではメーカーごとに見るとAffymatrix （9885件）、Agilent（2973件）、Nimblegen(1311件)、illumina（1229件）の順に占められています（※３）。

このようにGeneChipの実績は圧倒的であり、過去のデータとの比較の点からもデータベースで優占的なプラットフォームを選択することは、研究者やその所属機関にとっては自然なことです。
同じ理由で、すでにGeneChipを使用しているユーザーも他社に乗り換えることは少ないと思われます。

近年の次世代シーケンサーの普及によりアレイ解析が必要なくなるという意見も聞かれますが、解析にかかるコストやデータの質や量の違いなどから二つの解析手法が同じ領域で競合するものではないと言えます。
今後のアレイ解析はPCRやシーケンスと同等の低コストの研究インフラの一つになる方向へ向かっていると考えられます。

※１
当社もかつて癌と免疫領域におけるフォーカストアレイを作製し、メーカー様へのOEM供給およびそれらのアレイを用いた受託解析について提携事業を行っていました。

※２
GEOサイト　http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/
Nucleic Acids Research 2009 37(Database issue):D885-D890
リンク⇒　http://nar.oxfordjournals.org/cgi/content/full/37/suppl_1/D885

※３　2010年5月現在の登録数
Affymetrix社サイト　http://www.affymetrix.com/estore/

【特長】

1.マイクロアレイを使用した論文の中でも突出した論文数

アフィメトリクス社のGeneChip®は、マイクロアレイのグローバルスタンダードです。

2.半導体製造技術を応用した製造方法を採用

他の同種製品では実現困難な、「１アレイに650万以上ものプローブを搭載」することが可能です。

3.均質なアレイの製造を実現

均質なアレイを実現し、高い再現性をもった解析が可能です。

4.高度に自動化されたシステムを採用

実験者間でのバラつきが少なく、高い再現性を確保できます。

5.１遺伝子を複数のプローブで検出

バイアスを低減し、高い信頼性が得られます。

6.１枚のアレイに１サンプルをハイブリダイズさせるシングルカラー方式を採用

実験後に様々な組み合わせによるデータ解析が可能で、研究者間におけるデータ比較、公開、共有を制限無く行うことも可能です。