マッピングアレイは、一塩基多型(SNP)やコピー数多型検出用プローブ設計により、1枚のアレイで180万個以上におよぶマーカーを搭載していま す。906,600以上のSNPsをジェノタイピングと946,000以上のコピー数変化の解析・LOH（Loss of Heterozygosity）解析を行うことが可能です。
SNP Array 6.0は、DNAの接合性範囲（体細胞で取り込まれたか、あるいはメンデル遺伝や非メンデル遺伝でもたらされた）を識別することができます。LOHとコ ピー数の組み合わせにより、コピーニュートラルLOHの領域（片親性ダイソミー、UPD）が容易に見つけることができます。これらの方法は癌サンプルと一 般の細胞遺伝学的症例に非常に重要であり、従来の細胞遺伝学的手法やCGH（比較ゲノムハイブリダイゼーション）では検出することはできません。
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