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ホルマリン固定パラフィン包埋（FFPE）サンプルからのGeneChip(R)（DNAマイクロアレイ）を用いた遺伝子発現解析
ホルマリン固定パラフィン包埋（FFPE）サンプル
これまで病理標本として多くの臨床検体がFFPEサンプルとして保存されてきましたが、遺伝子解析には充分活用されておりませんでした。
最近では分子生物学的な技術開発に伴い、これまで困難とされてきたFFPEサンプルの遺伝子解析が可能になってきました。
当社では、FFPEサンプルに最適化された研究ツールを用いた遺伝子解析サービスを開始しました。
- ■マウス肝臓FFPEサンプルのヘマトキシリン・エオジン染色像
■マウス肝臓FFPEサンプルのヘマトキシリン・エオジン染色像
- ■RNAのQuality Check結果
- 抽出されたRNAのAgilent 2100 Bioanalyzerを用いて解析しました。FFPEでは、RNAの分解程度の指標であるRIN値が低いことから分解が進んでいることが示されました。
■RNAのQuality Check結果
- ■リアルタイムPCR結果
- RNAのQualityの指標として、18S rRNAに対し、長短の増幅産物が得られるように2種のPrimerを設計し、鋳型量をそろえ、リアルタイムPCRで定量しました。Long/Short比が、凍結サンプルでは0.8、FFPEサンプルでは0.1となっており、RNAの分解による断片化が進んでいること、また、FFPEサンプルでは凍結サンプルに比べシグナルが低く検出されることが示されました。
■リアルタイムPCR結果
- ■GeneChip 解析レポート
- NuGEN Technologies社の技術を用いて凍結サンプルとFFPEサンプルを解析した結果、大差なく解析できる可能性を有していることが示されました。
| Frozen | FFPE | |
|---|---|---|
| Raw Noise | 0.77 | 0.77 |
| Background | 27.31 | 28.07 |
| Noise | 0.85 | 0.83 |
| % present | 51.1 | 49.8 |
| 3'/5' beta actin | 1.15 | 0.67 |
| 3'/5' GAPDH | 3.56 | 8.77 |
以上より、FFPEサンプルから抽出したRNAは、GeneChip(R)による網羅的遺伝子発現解析を行うことが可能であることが示されました。しかしながら、効率的な実験を行うために、また有効な実験結果を得るためには、アレイ解析の前に、RIN値だけではなくリアルタイムPCRによりRNAの分解レベルを測定することが必要であると思われます。
【申込書のダウンロード】
TotalRNA抽出サービス 解析サービス申込書／PDF（96KB）
TotalRNA抽出サービス 解析サービス申込書／Excel（124KB）
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