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受託解析サービス

マイクロアレイ受託解析/Affymetrix (新・Applied Biosystems‎) GeneChip受託解析 ⁄ 

マイクロアレイを使用した論文の中でも突出した論文数を誇る「Applied Biosystems (旧・Affymetrix) GeneChip」の受託解析サービスを実施しています。
ジェネティックラボはメーカー公認のサービスプロバイダーです。

研究用途に合わせて、3種のツールをご用意しています。

(1) 発現解析

vs病態モデル群, vs開発品投与群などの網羅的遺伝子発現変化の研究に

遺伝子発現 対応生物種 / 遺伝子数 特徴
Clariom D ヒト 134,700以上
  • エクソンレベルの発現解析
  • Non-Cording, Splicing-Isoformの検出
マウス 66,100以上
ラット 68,900以上
3’IVT ヒト 47,000以上
  • 突出した文献数
  • 多数の生物種に対応
マウス 39,000以上
ラット 30,000以上
その他27生物種 一覧を見る
  • ウシ
  • イヌ
  • ニワトリ
  • ブタ
  • アカゲザル
  • アフリカツメガエル
  • ニシツメガエル
  • ゼブラフィッシュ
  • 酵母
  • 線虫
  • マラリア
  • ショウジョウバエ
  • シロイヌナズナ
  • シトラス
  • コットン
  • トウモロコシ
  • タルウマゴヤシ/
    ムラサキウマゴヤシ
  • ポプラ
  • イネ
  • ダイズ
  • サトウキビ
  • トマト
  • ブドウ
  • コムギ
  • 大腸菌
  • 緑膿菌
  • オオムギ
Gene 2.0 ST ヒト 40,716
  • 当社人気No.1
  • アノテーション済み遺伝子に特化
  • 多数の生物種に対応
マウス 35,240
ラット 28,407
その他22生物種 一覧を見る
  • シロイヌナズナ
  • ウシ
  • イヌ
  • 線虫
  • ニワトリ
  • カニクイザル
  • カニクイザル+アカゲザル
  • ウマ
  • ネコ
  • モルモット
  • マーモセット
  • タルウマゴヤシ
  • ヒツジ
  • ブタ
  • ウサギ
  • アカゲザル
  • ライス-US
  • ライス-JP
  • ライス-CN
  • ダイズ
  • キンカチョウ
  • ゼブラフィッシュ
Clariom S ヒト 20,800
  • 低価格
  • アノテーション済み主要遺伝子をカバー
マウス 22,100
ラット 22,900
miRNA v4.0 ヒト,マウス,ラットを含む203の生物種を1アレイに搭載
一覧を見る(PDF)
ヒト:成熟型2,578, 前駆体2,025
マウス:成熟型1,908, 前駆体1,255
ラット:成熟型728, 前駆体490

※その他、発現解析アレイについてはお問い合わせください。

(2) コピー数解析

遺伝性疾患の研究に

遺伝子発現 対応生物種 /
マーカー数
特徴
CytoScan HD ヒト 2,600,000以上
  • 高解像度(平均マーカー間隔880bp)な遺伝子コピー数異常検出
  • メーカー提供referenceデータとの比較を行うため、referenceサンプルの提供不要
  • referenceデータ(多人種or日本人のみ)は目的に合わせて選択可能
  • SNPマーカーもデザインされているためLOHの検出も可能
CytoScan 750K ヒト 750,000以上
  • CytoScan HDから主要プローブ抜粋したアレイ設計
  • 低価格

(3) ゲノム安定性評価

再生医療等製品の開発、製造工程での品質の確認に
iPS細胞作製時、継代時などG-Band(FISH)による評価前のスクリーニングに

遺伝子発現 対応生物種 /
マーカー数
特徴
KaryoStat HD ヒト 2,600,000以上
  • 高解像度(平均マーカー間隔880bp)な遺伝子コピー数異常検出
  • OMIMやISCAなど多様なデータベースを基にアレイ設計
KaryoStat ヒト 750,000以上
  • KaryoStat HDから主要プローブ抜粋したアレイ設計
  • 低価格

 


 

【GeneChip マイクロアレイとは】

なぜApplied Biosystems(旧 Affymetrix)のアレイが選ばれるのでしょうか。

Affymetrix<sup>®</sup> GeneChip<sup>®</sup>  DNAアレイには国内外のメーカーから様々なプラットフォームが製造販売されています。しかし、現在市場に出回っている製品はほぼ、数社の主要なメーカーのプラットフォームに収束しています(※1)。中でもApplied BiosystemsのGeneChipは、その最上位のDNAアレイです。
 世界最大の遺伝子発現データベースであるThe Gene Expression Omnibus (GEO) (※2)にはマイクロアレイを含めた遺伝子発現の膨大なデータが登録されています。
 GEOのデータベースに登録されているデータセット数は、illumina(57,397件)、Applied Biosystems(56,954件)、Agilent(30,007件)、Nimblegen(7,573件)の順となっており(※3)、Applied Biosystemsは2トップのうちの1つとなっています。

 過去のデータとの比較の点から、データベースで優占的なプラットフォームを選択することは、研究者やその所属機関にとっては自然なことです。同じ理由で、すでにGeneChipを使用しているユーザーも他社に乗り換えることは少ないと思われます。

 近年の次世代シーケンサーの普及によりアレイ解析が必要なくなるという意見も聞かれますが、解析にかかるコストやデータの質や量の違いなどから二つの解析手法が同じ領域で競合するものではないと言えます。
 今後のアレイ解析はPCRやシーケンスと同等の低コストの研究インフラの一つになる方向へ向かっていると考えられます。

※1 当社もかつてがんと免疫領域におけるフォーカストアレイを作製し、メーカー様へのOEM供給およびそれらのアレイを用いた受託解析について提携事業を行っていました。

※2 GEOサイト http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/

※3 2016年7月現在の登録数

【特長】

1.マイクロアレイを使用した論文の中でも突出した論文数

Applied BiosystemsのGeneChipは、マイクロアレイのグローバルスタンダードです。

Shining a laser light at GeneChip(R) array causes tagged DNA fragments that hybridized to glow.

2.半導体製造技術を応用した製造方法を採用

他の同種製品では実現困難な、「1アレイに650万以上ものプローブを搭載」することが可能です。

3.均質なアレイの製造を実現

均質なアレイを実現し、高い再現性をもった解析が可能です。

4.高度に自動化されたシステムを採用

実験者間でのバラつきが少なく、高い再現性を確保できます。

5.1遺伝子を複数のプローブで検出

バイアスを低減し、高い信頼性が得られます。

6.1枚のアレイに1サンプルをハイブリダイズさせるシングルカラー方式を採用

実験後に様々な組み合わせによるデータ解析が可能で、研究者間におけるデータ比較、公開、共有を制限無く行うことも可能です。

マイクロアレイ(GeneChip)解析のらくらく見積依頼

GeneChip解析 網羅的遺伝子発現解析アレイ

Human Transcriptome Array (HTA) 2.0解析

miRNA Array

Genome-Wide Human SNP Array 6.0

KaryoStat HDアッセイ

CytoScan® HD Array受託サービス

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