解析サービス

マイクロアレイ受託解析/Affymetrix (新・Applied Biosystems‎) GeneChip受託解析 ⁄ 

CytoScan® HD Array受託サービス

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■染色体変異を微小領域から全長レベルまで解析可能です

 mRNA発現の増減は、転写因子、miRNA、mRNAのメチル化など様々な要因が考えられますが、そのひとつとして「染色体コピー数異常」が挙げられます。染色体コピー数の変化はFISH法などで行うケースが多く、スクリーニングとして行うことが困難でした。

 

■FISHを行う前のスクリーニングとしての使用に

 Affymetrix CytoScan® HD Arrayは、Affymetrix社から無料で配布されている専用の解析ソフト:CytoScan® HD Chromosome Analysis Suite (ChAS)と解析データを組み合わせることによって、染色体上の変異箇所も特定することが可能です。そのため、染色体の微小領域の変異解析に最適なツールです。

CytoScan 解析画像例

Affymetrix社 CytoScan® HD Array データシートのダウンロード

Affymetrix社 CytoScan® HD Array カタログのダウンロード

 

■様々な研究用途に

 染色体変異に伴うコピー数の変化と遺伝子発現との相関関係・作用機序の研究や腫瘍におけるゲノムコピー数異常の解析が可能です。また、全染色体の変異箇所をマッピングする研究をされているお客様、がん細胞における染色体異常接合の研究をされているお客様にもお勧めいたします。

 

■CytoScan® HD Arrayの仕様

コピー数マーカーの総数 2,696,550
  ・非多型マーカーの数 1,953,246
  ・SNPマーカーの数 743,304
遺伝子型を同定可能なSNPマーカーの総数 749,157
ゲノムビルド hg19
常染色体マーカー 2,491,915
偽常染色体マーカー 4,624
遺伝子内マーカー 1,410,535
遺伝子間マーカー 1,286,015
   
マーカー間隔の平均(塩基対)  
  ・遺伝子内 (以下のすべの遺伝子内) 880
    ISCA consitutional genes 384
    Cancer genes 553
    OMIM Morbid genes 659
    X chromosome OMIM Morbid genes 486
    RefSeq genes 880
  ・遺伝子間 (非遺伝子バックボーン) 1,737
  ・全体 (遺伝子および非遺伝子バックボーン) 1,148
   
遺伝子カバー率 (25マーカー/100kb)  
ISCA constitutional genes (340) 100%
Cancer genes (526) 100%
OMIM Morbid genes (2,640) 98%
X chromosome OMIM Morbid genes (177) 100%
RefSeq Genes (36,121) 96%

 

■ご用意いただくサンプルについて

サンプル性状 ヒトゲノム-DNA ヒト血液
(EDTA採血-全血)
ヒト凍結組織
必要量 dsDNA 1ug 以上 2mL 以上 5mm角 3~5個
濃度 50ng/uL 以上
A260/A280 1.7~2.0
輸送方法 凍結 冷蔵 凍結
DNA抽出料金(税抜) 15,000円~/sample 15,000円~/sample
その他 弊社に平日着となるようお送りください。

※その他、細胞等でのご依頼も可能です。

 

■解析の流れ

CytoScan_flow.png

 

 

■基本納品物

  1. 試験報告書
  2. 試験データ(CD-R/DVD-R)
    ・rawデータ(CELファイル)
    ・SNPタイピングリスト(xlsファイル)
    ・コピー数変異箇所リスト(xlsファイル)
    ・解析データ(cychpファイル)
      ChASのコントロールデータと比較したデータです。
      日本人のみに絞ったコントロールと比較することも可能です。
      Affymetrix社専用ソフト「ChAS【簡易版】」で閲覧が可能です。
      ChAS【簡易版】はWindows 7 以降の32bit 英語版にインストールが可能です。

 

■申込書/注意事項のダウンロード

申込書等ダウンロードサービスページをご利用ください。

 

■お見積もり依頼・お問い合わせ

株式会社ジェネティックラボ 営業部
〒060-0009 札幌市中央区北9条西15丁目28番地196 札幌ITフロントビル3F
TEL:011-644-7333 FAX:011-644-7611

E-mail:sales▲gene-lab.com

※メールをお送りいただく場合は「▲」部分を「@」に変えてお問い合わせください

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