解析サービス

マイクロアレイ受託解析/Affymetrix (新・Applied Biosystems‎) GeneChip受託解析 ⁄ 

GeneChip解析 網羅的遺伝子発現解析アレイ

 網羅的遺伝子発現解析については、Affymetrix社の下記4種類のアレイを用いた受託解析サービスを提供しています。下図のとおり、それぞれのアレイでプローブの設計方式が異なります。

microarray_probe.jpg

 

■取扱いマイクロアレイ

 下記の4種類からお選びいただけます。

  • Human Transcriptome Array 2.0 (HTA)
      ~このようなお客様にお勧めします~
    • マイクロアレイで遺伝子発現解析を行いたいお客様
    • コード転写産物だけでなく、非コード転写産物の発現解析も行いたいお客様
    • 次世代シーケンサー解析前のプレ試験として試したいお客様
  • Gene 1.0/2.0 ST Array
      ~このようなお客様にお勧めします~
    • 遺伝子のスクリーニングを行いたいお客様
    • 網羅的遺伝子発現プロファイリングを行いたいお客様
  • 3'IVT Array (3' Expression Array)
      ~このようなお客様にお勧めします~
    • 過去のデータと比較しながら遺伝子スクリーニングを行いたいお客様
    • 網羅的遺伝子発現プロファイリングを行いたいお客様
  • Exon 1.0 ST Array
      ~このようなお客様にお勧めします~
    • 各種遺伝子疾患の研究をしたいお客様
    • マウス、ラットの疾患モデルを用いた研究をしたいお客様

 

GeneChip® Human Transcriptome Array 2.0 (HTA)

 「次世代マイクロアレイ」と呼ばれているHuman Transcriptome Array 2.0(HTA)は、600万ものプローブが配置されたAffymetrix社 GeneChip® の中でも最多のプローブ数を誇るアレイです。プローブは、コード転写産物のエクソンの他、エクソン間のスプライス接合部、非コード転写産物にまで及ぶ領域をカバーしています。mRNAの網羅的発現解析をご検討されていらっしゃるお客様だけではなく、次世代シーケンサーのプレ試験としてもご活用いただけます。


プローブ数:各エクソンに10個、エクソン間のスプライス接合部に4個

【取り扱いChip】

生物種
製品名
取り扱いChip
単位(枚)
蛋白質コード
遺伝子数
蛋白質コード
転写産物数
蛋白質コード
エクソン
製品
番号
蛋白質非コード
遺伝子数
蛋白質非コード
転写産物数
蛋白質非コード
エクソン
ヒト
Human Transcriptome Array 2.0
2
44,699
245,349
560,472
11001
22,829
40,914
109,930

※2013年8月現在

 

GeneChip® Gene 1.0/2.0 ST Array

 目的遺伝子の全長にわたってプローブ設計を行っているため目的遺伝子を全体的にカバーしています。また、エクソンアレイのプローブの一部も利用し十分なアノテーションをもったコンテンツをカバーしています。目的遺伝子にある各エクソンに対する複数のプローブのデータは遺伝子レベルで1つの遺伝子の発現情報として扱われるため(1プローブずつのデータではなく、目的遺伝子に対して1つのデータ)、3'IVTアレイよりシンプルなデータが得られます。


1遺伝子あたりの独立プローブ数:~約25プローブ

【取り扱いChip】

Chipの種類と生物種 遺伝子数 Chipの種類と生物種 遺伝子数
Human Gene 1.0 ST Array 28,869個 Human Gene 2.0 ST Array 40,716個
MouseGene 1.0 ST Array 28,853個 Mouse Gene 2.0 ST Array 35,240個
Rat Gene 1.0 ST Array 27,342個 Rat Gene 2.0 ST Array 28,407個

  ※その他のChipにつきましては、お問い合わせください

 

GeneChip® 3' IVT Array (3' Expression Array)

 目的遺伝子の3'側に焦点を絞りプローブ設計を行うことによって、目的遺伝子の3'側をカバーしています。30種類以上の生物種に対応しており、特徴が明らかな遺伝子を含む転写産物およびバリアントの発現レベルを解析できます。1つの転写産物について複数の独立した測定を行うことで高精度で再現性のある解析を実現します。

1遺伝子あたりの独立プローブ数:約11プローブ

【取り扱いChip】

  • Human Genome U133 Plus 2.0 Array

       ヒト遺伝子数:38,000以上
       転写産物数:約47,000

  • Mouse Genome 430 2.0 Array

       マウス遺伝子数:34,000以上
       転写産物数:約39,000

  • Rat Genome 230 2.0 Array

       ラット遺伝子数:28,000以上
       転写産物数:約30,000

<その他、下記の生物種にも対応が可能です>

※最低発注数に関してはお問い合わせ下さい。

    Arabidopsis ATH1 Genome Array
    Bovine Genome Array
    Canine Genome 2.0 Array
    C.elegans Genome Array
    Chicken Genome Array
    Citrus Genome Array
    Drosophila Genome 2.0 Array
    Maize Genome Array
    Medicago Genome Array
    Poplar Genome Array
    Porcine Genome Array
    RhesusMacaque Genome Array
    Rice Genome Array
    Soybean Genome Array
    Sugar Genome Array
    Tomato Genome Array
    Vitis vinifera (Grape) Genome Array
    Wheat Genome Array
    Xenopus Genome Array
    Yeast Genome 2.0 Array
    Zebrafish Genome Array

 

GeneChip® Exon 1.0 ST Array

 目的遺伝子の全エクソンに対してプローブ設計を行っているため、全転写産物レベルの発現解析とエクソンレベルの解析を1つのアレイで解析できます。ゲノムの既知転写領域や予測される転写領域内にあるエクソンを選択しプローブ設計しています。マウスやラットの遺伝子地図上に対応する配列をプローブのデザインに組み入れることで比較ゲノム学的情報(2者のゲノム情報の比較)が得られます。

1エクソン~約4プローブ、1遺伝子あたりの独立プローブ~約40プローブ

【取り扱いChip】

  • Human Exon 1.0 ST Array

   転写産物数:22,011(Well annotated*)+ 133,672(Well annotated + Speculative**)
   エクソンクラスター:100万個以上

  • Mouse Exon 1.0 ST Array

   転写産物数:23,332(Well annotated*) + 101,175(Well annotated + Speculative**)
   エクソンクラスター:100万個以下

  • Rat Exon 1.0 ST Array

   転写産物数:8,793(Well annotated*) + 19,418(Well annotated + Speculative**)
   エクソンクラスター:約85万個


*Well annotated
 確立されたヒトRefSeqのmRNA、GenBankのmRNAおよびdbESTのESTを含むcDNAにもとづいた配列等
**Speculative:
  次のような一次ソースから予想される遺伝子構造配列
 ・GENSCAN
 ・Ensembl
 ・Vega
 ・geneidおよびsgp
 ・TWINSCAN
 ・Exoniphy
 ・MicroRNA Registry
 ・MITOMAP
 ・構造的RNA予測(genome.ucsc.edu)

 

■解析に必要なサンプル量

サンプル
性状
調製条件
保存方法
輸送温度
total RNA
量:1μg以上
濃度:100ng/μL以上
純度(A260/A280):1.9~2.1
冷凍
(-20℃)
冷凍
(-20℃以下)
組織
大きさ:5mm角を超えない大きさ
個数:3~5個
調製方法:RNA laterに浸漬し4℃で一昼夜 保管後、凍結
※5mm角を超える大きさの組織は、内部までRNA laterが浸透しないため、RNAの品質が低下する可能性があります。
細胞
細胞数:5×10~1×10
調製方法:細胞ペレットをRNA laterに浸漬し攪拌後、4℃で一昼夜保管後、凍結
※その他のサンプルはお問い合わせください

 

■有償オプションサービス

  • 組織、細胞からのtotal RNA抽出(DNase処理・クオリティチェック込み)
  • total RNAの増幅
  • FC法データ解析追加比較
  • Gene Ontology解析
  • その他データ解析

 

■申込書/注意事項のダウンロード

申込書等ダウンロードサービスページをご利用ください。

 

■GeneChip受託解析サービス リーフレットのダウンロード

GeneChip受託解析サービスリーフレット/PDF(1,034KB)

 

■お見積依頼・お問い合わせ先

株式会社ジェネティックラボ 営業部 【 sales▲gene-lab.com 】
〒060-0009 札幌市中央区北9条西15丁目28番地196 札幌ITフロントビル3F
TEL:011-644-7333 FAX:011-644-7611

※メールをお送りいただく場合は、「▲」部分を「@」に変えてお問い合わせ下さい。

お問い合わせ

総合カタログダウンロード

これって何?バイオコラム

CTC情報サイト

病理診断 ―臨床医が知っておきたい最新の進歩、がん病理を中心に―

子宮頸がんの検査とは

HPVってなぁに?

ストップ!子宮頸がんの会

解析サービス項目