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Clinical Testing >> サービス >> GeoMxシステムによる空間プロファイリング解析
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GeoMxによる空間解析

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空間プロファイリング解析とは

　▶空間の特定領域における標的の網羅的解析

 

空間トランスクリプトーム解析サービスでは、

指定の領域で RNAやタンパク質がどのようにどのくらい発現されているか がわかります。

 

  IHC, ISH NGS 空間トランスクリプトーム
網羅的な
解析		 ×
（特定の標的物質のみ）		 ● ●
組織上の
空間分布		 ● × ●

 

 

デジタル空間プロファイラーシステム（GeoMx）を用いた解析サービスをご提案いたします。
シングルセルシーケンスでは失われてしまう位置情報を保持しつつ、同じ表現型を持つ細胞集団の比較解析ができます。

※ 技術情報はこちらのページをご覧ください

 

GeoMx Digital SpatialProfiler 画像

 

 

当社の空間プロファイリング解析

  • 空間トランスクリプトミクス及び空間プロテオミクスの形態学的な情報を提供
  • 関心領域における局所の遺伝子発現を目的に応じてプロファイリング
  • 癌の微小環境における遺伝子発現の解析に最適
  • 1枚～数枚のFFPEで解析可能
  • 解析可能パネル数
    • タンパク質（ヒト：140 以上　マウス：130 以上）
    • RNA（ヒト：18,000 以上　マウス：22,000 以上）

 

解析に必要なFFPE1スライド例

解析に必要なFFPE1スライド例

  • 図のように、規定範囲内であれば1スライド上に載せる切片の数は自由です。
  • ユーロフィンジェネティックラボでは、スライド作製・TMA 作製も行っています。

  

サービスの特長

  • 豊富な網羅的発現解析データ（18,000以上のRNA、数十以上のタンパク質）を取得できます
  • 関心領域を識別し、位置情報を保持したまま、数十から数百細胞レベルでの解析が可能です
  • FFPEアーカイブ検体をもちいた解析が可能です
  • 蛍光染色画像やヒートマップなど美しくインパクトのある解析データが取得できます
  • 自社ラボで実施のため、煩雑な国外への検体輸送手続きが不要です

 

このようなお客様にお勧めします

  • ディスカバリーからトランスレーショナルリサーチまで幅広いご研究に
  • トランスクリプトーム解析を検討されている方に
  • バイオマーカーの探索に
  • 腫瘍免疫、神経科学分野など、幅広い分野のご研究に

※ 文献例はこちらからご確認ください

 

サービス基本仕様

Step.1

1. ヒアリング
2. パネル決定・お申込み
3. サンプルご提供

※ ご研究目的等をお伺いの上、使用パネルをご提案いたします

 

Step.2

1. ROIの選定
2. GeoMx解析
3. データ概要ご報告

※ HE画像上でROIを指定　ROIの選択方法につきましてはこちらをご覧ください
※ ROI...「関心領域（Region of Interest、ROI）」
※ morphology markerでの免疫染色、ROI指定も可能です（オプション）

※ GeoMx解析...スライド調製、染色画像取り込み、ROIからのインデックスオリゴ回収、リードアウトを行います　詳細な解析ステップはこちらをご覧ください

※ ご指定の比較組み合わせ（サンプル間、ROI間、 領域間など）のボルケーノプロット、クラスタリング解析結果をご報告

 

Step.3

1. ディスカッション
2. 詳細データ取得
3. ご報告

※ ボックスプロット等のデータを取得
※ 組織の画像や取得したデータなどを報告書にまとめてご報告

 

受け入れサンプル

  • ホルマリン固定組織
  • ホルマリン固定パラフィンブロック（FFPE）
  • OCT包埋凍結組織
  • 未染標本
    未染スライド 3～4枚/症例以上(5μm厚)または未染スライド 2～3枚/症例以上(5μm厚)および連続切片のHEスライド 1枚/症例をご用意ください。
    （推奨スライドガラス：スーパーフロストプラス)

※ 受け入れサンプルの品質確認の実施も可能です（オプション）
※ その他サンプル性状の場合はお問い合わせください
※ サンプル準備～ご発送手順ページもご覧ください

 

解析例見本

【解析例１】ボルケーノプロット

ボルケーノプロット_デジタル空間プロファイラーシステム（GeoMx）解析例1

 

【解析例２】クラスタリング

クラスタリング_デジタル空間プロファイラーシステム（GeoMx）解析例2

 

【解析例３】ボックスプロット

ボックスプロット_デジタル空間プロファイラーシステム（GeoMx）解析例3

 

当社の2つのコースについて

（解析内容・ご予算に応じて2つのコースを選択できます）

プラチナコース
  • 多数のスライドを解析を希望
  • 指定領域を代表的なリンパ球や上皮マーカーのみならず様々なマーカーで細かく確認したい
  • 多数の指定領域を解析してほしい
  • Volcano Plotなど詳細解析等も希望

 

スタンダードコース
  • 1枚のスライドで解析
  • 代表的なリンパ球や上皮マーカーで指定領域を確認したい
  • 指定領域は限られた数のみ希望
  • 単サンプル・小解析により、できるだけ低コストで解析費用を抑えたい

 

プラチナコースおよびスタンダードコース詳細

  プラチナコース スタンダードコース *1  198万円
パネル

 RNAの解析パネル
　Whole Transcriptome Atlas
 （ヒト / マウス）
　Cancer
 （ヒト / マウス / イヌ）

 タンパク質解析パネル
　免疫（ヒト / マウス）
　神経（ヒト / マウス）

 RNAの解析パネル
　Whole Transcriptome Atlas
 （ヒト / マウス）
1 アッセイ  4 スライド  1 スライド
ご提出
サンプル *2		  HE スライド 1枚
 未染色スライド（1 枚＋予備1枚）×検体数		  HE スライド 1枚
 未染色スライド 1枚＋予備 1枚
未染色スライド上の
ROI染色		  PanCK、CD45、Nucleiの他、ご指定のマーカーも可能
 Nucleiを含む計4種まで
 別途条件検討も実施可能		  PanCK、CD45、Nucleiのみ
1 スライドあたりの解析数
（ROI *3数）		  22か所  22か所
解析及び納品時
技術者打合せ		 〈打合せ例〉
 ●抗体・条件検討のご提案
 ●ROI設定のアドバイス・ご提案
 ●詳細データ解析のサポート
 ●データ内容の詳細説明		  -
(左記ご希望の場合は、費用別途オプション・応相談）
納品

 DCCファイル
 ROIの位置が入った蛍光画像（PNGファイル）
 Cluster解析（3 比較まで）
 Volcano作成（3 比較まで）

 DCCファイル
 ROIの位置が入った蛍光画像（PNGファイル）
解析  Cluster解析（3 比較まで）
 Volcano作成（3 比較まで）		  -
(左記ご希望の場合は、費用別途オプション・応相談）

＊1 スタンダードコースは、複数のお客様の検体を同時に解析いたします。
       お申し込みから3 ヶ月経過時点で弊社に 3スライド以上の申し込みがない場合は自動的にキャンセルとなりますので、必要に応じて再度のお申込みをお願いします。
＊2 HE 染色スライドに解析ご指定領域をマーカーしてください (このご指定領域が ROI の参考になります )
＊3 ご指定領域・関心領域

 

GeoMx™による発現解析での報告例【300以上の論文実績】

  • 非小細胞性肺がん患者の腫瘍細胞と免疫細胞それぞれにおけるタンパク質のプロファイリング1)
  • 中咽頭原発腫瘍手術を受けた患者の腫瘍周囲リンパ系および腫瘍領域の遺伝子発現プロファイリング2)
  • SARS-CoV-2 感染させた急性肺損傷モデルマウスの、調節不全となっている修復および繊維化シグナルを特定及び繊維化促進マーカーの局所的な発現増加 3)
  • Inpp5dノックアウトマウス脳による、大脳皮質と海馬毎のプラーク陽性と陰性の WTA 解析4)
  • すい臓がん患者の正常部分、前病変部分および腫瘍部分それぞれにおけるRNA のプロファイリング5）

1) Moutafi M K, et al. J Immunother Cancer 2022;10:e004757
2) Naohiro Wakisaka, et al. FrontAm J Pathol 2023 May 9;S0002-9440(23)00167-0.
3) Sci Transl Med. Published online 2022 Jul 7. d oi: 10.1126/scitranslmed.abo5070
4) Journal of A lzheimerʼsDement.2022;1‒1 DOI: 10.1002/alz.12849
5) Hao Yang, et al. Front. Immunol., 28 July 2022;13:961457.

 

基本納品物

  • 試験報告書
  • 解析データおよび画像データ（HDD）

 

納期

お申込みから35営業日程度～

 

オプションサービス

  • RNAscopeによるスライドの品質確認
  • RNA抽出およびDV200測定によるスライドの品質確認
  • 免疫染色

 

関連するアプリケーション

 

ご注文について

ご注文方法は、事前に試験仕様等のお打ち合せをさせていただいたうえで、ご案内させていただきます。
まずはお気軽にお問い合わせください。

 

リーフレット、申込書/注意事項のダウンロード

GeoMxリーフレットのダウンロードはこちら
解析申込書につきましては申込書等ダウンロードサービスページをご利用ください。

 

●複数のスライドで詳細な解析を希望される方にはフルサポートで対応いたします。
●初めての空間プロファイリングで、まずは単サンプル・小解析をご希望される方は、お客様の投資を抑えたご予算で対応いたします。


お気軽にお問い合わせください。

 

お問い合わせ

ユーロフィンジェネティックラボ株式会社
電話番号 011-644-7342
営業時間 9時～17時（土日祝日除く）