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解析サービス

核酸抽出

2014/11/5 更新

 様々な組織・性状の臨床検体からの核酸抽出が可能です。解析用途に応じて最適な方法をご提案いたします。また、大量のサンプルのご依頼も承ります。詳細は、以下のリンクをクリックしてご確認ください。

 

 

■RNA抽出 / RNA抽出 (small RNAを含む)

 サンプルの状態に応じ適切なキットを使い分け、RNAの抽出を行います。

【サンプル性状】

  • 組織 (肺、腎、肝、膵、腸、心、脳、筋組織、血管 など)
  • 培養細胞
  • 固定パラフィン包埋組織 (FFPE : Formalin-Fixed Paraffin Embedded)
  • 血液
  • その他 (様々なサンプルに対応可能ですのでご相談下さい)

【納品データ】

■FFPEサンプルからの核酸抽出

 実臨床ではホルマリン固定した組織をパラフィン包埋し、切片を作製し(薄切と言います)、染色し病理標本となった切片を病理専門医が鏡顕することによって診断を行っています。

 このホルマリン固定パラフィン包埋 (FFPE : Formalin-Fixed Paraffin Embedded)サンプルは、病院の臨床診断に伴い作製、診断に使用され、病理検査室に保管されています。これらのFFPEサンプルには病理診断所見、予後などの臨床データが付随しており、核酸やタンパク質など分子レベルでの解析を可能にするアーカイブとしての活用が期待されています。

 近年、これらのFFPEサンプルの遺伝子発現や遺伝変異、DNAメチル化、タンパク質の発現や局在、修飾などの情報を解析し、診断のみならず創薬や治療のバイオマーカー探索ツールとして活用することが可能になりつつあります。

 ホルマリン固定パラフィン包埋組織のRNAの解析は一般的に困難であると言われています。理由は以下の点が考えられます。

  • 手術摘出臓器・組織などの臨床検体の場合、術後にホルマリンに浸漬するまでの時間が長く内在性のRNaseによって分解される
  • 長時間のホルマリン固定によって核酸が分解される
  • ホルマリン固定 (共有結合固定)によって核酸が他の成分と結合し、核酸回収率が低下する
  • パラフィン包埋からスライド薄切までの複雑で長い工程やその温度変化等の影響を受け、RNAが劣化する

 当社ではこれまでにFFPEサンプルの遺伝子発現解析の実績があり、探索的な研究目的としては研究資源として活用できることを確認しております。ただし、中にはどうしても解析が困難なサンプルが含まれることは否定できません。そこで独自の方法によるクオリティチェック項目を設定し、RNA抽出後に解析へ進むことが可能かどうかの判断をサポートさせていただきます。また、その後の解析目的に応じた技術的なご提案も可能です。詳細はお問い合わせくださ い。

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■DNA抽出

 サンプルの状態に応じ適切なキットを使い分け、DNAの抽出を行います。

【サンプル性状】

  • 組織 (肺、腎、肝、膵、腸、心、脳、筋組織、血管 など)
  • 微量組織 (生検サンプル、皮膚など)
  • 培養細胞
  • 固定パラフィン包埋組織 (FFPE : Formalin-Fixed Paraffin Embedded)
  • 血液
  • 羊水
  • その他 (様々なサンプルに対応可能ですのでご相談下さい)

【納品データ】

  • 濃度測定結果

■濃度測定とクオリティチェック

【濃度測定】

対象サンプル: RNA、 DNA

分光光度計NanoDrop (ND-1000)を使用し、濃度の測定を行います。

【クオリティチェック】

対象サンプル: RNA

Bioanalyzer2100 (Agilent Technologies社)を使用し、RNAの分解度を測定します。

total RNAの品質指標にRIN (RNA Integrity Number)を使用しています。

RIN(RNA Integrity Number)説明.pdf

上記ファイルはAgilent Technologies社から提供された資料です。許可無く転用、複製、改変等することは禁じられています。

RIN: total RNAの分解度を数値として表示します。分解が進むと数値が低くなります。

RIN.bmp

agilent.jpg

 

■申込書/注意事項のダウンロード

申込書等ダウンロードサービスページをご利用ください。

 

■お見積依頼・お問い合わせ先

株式会社ジェネティックラボ 営業部 【 sales▲gene-lab.com 】
〒060-0009 札幌市中央区北9条西15丁目28番地196 札幌ITフロントビル3F
TEL:011-644-7333 FAX:011-644-7611

※メールをお送りいただく場合は、「▲」部分を「@」に変えてお問い合わせ下さい。

 

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